Một quả trứng trôi dạt dưới lòng biển nhưng lại được những pokemon dưới đại dương chăm sóc và nâng niu nhưng đến một ngày nọ một tên tội phạm nguy hiểm cùng thủy thủ của mình đã tóm được quả trứng đặc biệt quả trứng đó được gọi là Hoàng Tử Biển Cả Manaphy.
Nhưng sự việc diến biết bất ngờ mà hắn ta không ngờ tới là trong đám thủy thủ của hắn có một tên giả mạo một nhà huấn luyện thú pokemon đã cướp quả trứng đó và trốn thoát khỏi tàu của hắn bằng pokemon bay và cưỡi nước.
Jackie sau khi lấy được quả trứng lại nhờ đám bạn của nhóm Satoshi chăm sóc cho Manaphy đến ngày trả tự do cho pokemon này về với biển cả
